Politeknik Ilmu Pelayaran Balikpapan yang berkedudukan di kota Balikpapan, didirikan atas rekomendasi Kopertis XI Wilayah Kalimantan No. 736/ K11.A/ KL/ 2011 tanggal 15 Juni 2011, tentang pembukaan Program Studi dan Pendirian Politeknik Ilmu Pelayaran Balikpapan. PIP Balikpapan berdiri atas dasar kebutuhan yang sangat mendesak akan tenaga yang terampil dan profesional di bidang pelayaran. Sektor pelayaran adalah salah satu sektor yang sangat pesat dan menunjang pembangunan kota Balikpapan, untuk itu perlu dibuatkan sarana dan prasarana pendidikan guna menunjang sumber daya manusia di sektor tersebut.
Yayasan Putra Mandiri Balikpapan merupakan yayasan yang menaungi Politeknik Ilmu Pelayaran Balikpapan. Yayasan melalui Rapat Koordinasi dewan pengurus, menyepakati mendirikan Politeknik Ilmu Pelayaran Balikpapan dengan membuka tiga Program Studi / jurusan, yaitu:
Politeknik Ilmu Pelayaran Balikpapan memulai kegiatan akademiknya berdasarkan ijin operasional dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 589/E/O/2014 tertanggal 17 Oktober 2014.